இதற்கிடையில், 2025-ம் ஆண்டு வக்ப் சட்டத் திருத்தத்தை நியாயப்படுத்தி உச்ச நீதிமன்றத்தில் தாக்கல் செய்யப்பட்ட தனது எதிர் பிரமாணப் பத்திரத்தில் மத்திய அரசு இந்தத் தீர்ப்பை மேற்கோள் காட்டியுள்ளது. அதில், "அர்ச்சகர் தனது நியமனத்திற்கு ஒரு மதச்சார்பற்ற அதிகாரம் (அறங்காவலர் குழு அல்லது அறங்காவலர்கள்) காரணமாக இருப்பதால், அவரது நியமன செயல் அடிப்படையாக மதச்சார்பற்றதாக இருக்கும். மேலும், அர்ச்சகர்கள் ஒரு மதச் செயலை செய்வதால் மட்டுமே நியமனம் மத நடைமுறையின் ஒரு பகுதியாகவோ (அ) மத விவகாரமாகவோ கூற முடியாது" என்று உச்ச நீதிமன்றம் கூறியிருந்ததை சுட்டிக்காட்டியுள்ளது.
மாநில கோயில்களில் ஒரு வருட அர்ச்சகர் சான்றிதழ் படிப்பை முடித்தவர்களை நியமிக்கும் தமிழக அரசின் முடிவை எதிர்த்து உயர் நீதிமன்றத்தில் மனுதாரர்கள் வழக்கு தொடர்ந்தனர். இது ஆகமங்களில் குறிப்பிடப்பட்டுள்ள சடங்குகளுக்கு எதிரானது என்று அவர்கள் வாதிட்டனர். ஆகமக் கோயில்களில் அர்ச்சகர்களை நியமிப்பது, அரசு அந்த நியமனங்களைச் செய்யும்போது மனு செய்யப்படலாம் என்றும் உயர்நீதிமன்றம் தனது உத்தரவில் கூறியுள்ளதாக மனுதாரர் தரப்பில் வழக்கறிஞர் ஜி. பாலாஜி தெரிவித்தார்.
உச்ச நீதிமன்றத்தில் இதுகுறித்து வழக்கு தொடரப்பட்டது. உச்ச நீதிமன்றம் மற்றும் சென்னை உயர்நீதிமன்றத்தின் தீர்ப்புகள் இருந்தபோதிலும், மாநில அரசு, "சட்டத்தை மதிக்காமல், தமிழ்நாட்டில் உள்ள கோயில்களை அழிக்கும் நோக்கில் மட்டுமே, மதச்சார்பற்றவர்களை அர்ச்சகர்களாக நியமிக்க முயற்சிக்கிறது" என்று மனுதாரர்கள் உச்ச நீதிமன்றத்தில் தெரிவித்தனர்.
“மதச்சார்பற்ற அரசு, அத்தியாவசியமான மத நடைமுறைகளில் தலையிட முடியாது என்பது நன்கு உறுதிசெய்யப்பட்ட ஒன்றாகும், ஏனெனில் அந்த உரிமை இந்திய அரசியலமைப்பின் கீழ் பாதுகாக்கப்படுகிறது. ஆகமங்கள் என்பது மாற்ற முடியாத, அத்தியாவசியமான மத நடைமுறைகளுக்கே சார்ந்தவை, எனவே மதச்சார்பற்ற அரசு அதில் தலையிட முடியாது” என்றனர்.
ஆகம கோயில்களில் அர்ச்சகர்கள் நியமனம் தொடர்பாக தற்போதைய நிலையைப் பின்பற்றுமாறு செப்.25, 2023 அன்று இந்த வழக்கில் உச்ச நீதிமன்றம் நோட்டீஸ் அனுப்பியது. இந்த வழக்கு மே 14, 2025 அன்று நீதிபதிகள் சுந்தரேஷ் மற்றும் பிண்டால் ஆகியோர் அடங்கிய அமர்வுக்கு மீண்டும் விசாரணைக்கு வந்தது. ஒரு ரிட் மனுதாரருக்காக ஆஜரான மூத்த வழக்கறிஞர் குரு கிருஷ்ணகுமார், கோயில்களின் அடையாளக் குழுவில் பரிந்துரைக்கப்பட்ட உறுப்பினர்களில் ஒருவரை நியமிப்பதற்கு ஆட்சேபனை தெரிவித்தார். பின்னர் தமிழக அரசு, அந்த அதிகாரி "சர்ச்சைக்குரிய நபரால் மாற்றப்படுவார்" என்று உறுதியளித்தது.